مكتب الأمين العام هو الهيئة التنفيذية لوكالة تنمية شرق المتوسط.له مكان عمل بالمبنى الرئيسي بوكالة DOĞAKA في هاتاي، إلا أن المتخصصين بالوكالة يعملوا في مختلف أنحاء المنطقة TR63 وفقًا لاحتياجات أعمال التخطيط وتطبيق البرمجة الإقليمية.
المهام والسلطات القانونية للامين العام تكون على النحو التالي: